Organik tarım hayvan yetiştirmeye çok saygılıdır, hayvan refahını temel hedef olarak kabul eder.
Organik hayvansal üretim kuralları aşağıda belirtilmiştir.

  • Organik hayvancılıkta, tür ve ırk seçiminde yerel koşullar göz önüne alınır, hastalığa dayanıklı tür ve ırk seçimine dikkat edilir.
  • Organik işletmelerden getirilen ve tamamen organik yemlerle beslenilen, genetik yapısı değiştirilmemiş, çevreye, iklim koşullarına ve hastalıklara dayanıklı hayvanlar damızlık olarak kullanılır.
  • Organik hayvan yetiştiriciliğinde tabii tohumlama esastır. Embriyo transferi yapılamaz. Damızlık hayvanlardan tamamen doğal yöntemlerle elde edilen, saklanan ve kullanılan sperma ile suni tohumlama yapılabilir.
  • Organik hayvancılık yapacak işletmelerdeki hayvanlar, meralara veya açık hava gezinti alanlarına veya açık alanlara erişebilmeli ve birim alan başına düşen hayvan sayısı, üretim birimindeki bitkisel üretime yeterli hayvan gübresi sağlayabilecek şekilde sınırlı olmalıdır. Organik gübre stoklama kapasitesi ya da yayılan nitrojen miktarı, kullanılan tarımsal alanda tek ürün için 170 Kg/N/Ha/Yıl’ı aşamaz. Bu miktar aşıldığında, müteşebbisin aynı bölgede başka bir alan edinmesi veya yetkilendirilmiş kuruluşun onayı ile komşu işletmelerde bu olanağı sağlaması gereklidir. Yetkilendirilmiş kuruluş çevre koruma maksadıyla stoklama kapasitesini azaltabilir.
  • Organik hayvancılıkta aynı üretim biriminde bulunan tüm hayvanlar, Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilmelidir. Ancak, bu Yönetmelik hükümlerine uygun olarak yetiştirilmeyen hayvanlar, yetiştirildikleri binaların ve arazilerin bu Yönetmelik kurallarına uygun olarak yetiştirme yapılan birimlerden açıkça ayrı olması ve ayrı türlerin bulunması şartıyla aynı işletmede bulunabilirler.
  • Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilmeyen aynı tür hayvanlar, bu Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilen hayvanlar ile aynı anda merada olmamalıdır.
  • Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine uygun olarak yetiştirilen hayvanlar aşağıdaki hususların bulunması şartıyla konvansiyonel yetiştirilen hayvanlarla farklı zamanlarda ortak arazilerde otlatılabilirler.
    1) Araziler geçiş sürecini tamamlamış olmalıdır.
    2) Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilmemiş hayvanlar, ekstansif üretimden gelmiş olmalıdır.
    3) Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilen hayvanlardan elde edilen ürünler; ortak arazileri kullanan ve Yönetmelik hükümlerine göre yetiştirilmeyen hayvanlarla aynı anda otlatılmadıkları, bir kontrol ve sertifikasyon kuruluşu veya kontrol kuruluşunca onaylanmadıkça organik olarak kabul edilemez.
  • Organik yem bitkileri üretimi yapılacak arazi Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre geçiş sürecine alınır.
  • Hayvan ve hayvansal ürünlerin geçiş süreci;
    1) Et üretiminde büyükbaş hayvanlarda 12 ay, küçükbaş hayvanlar ve domuzlar için 6 ay olmalıdır. Ancak organik süt sığırcılığı işletmelerinde sürüden et amaçlı ayrılacak hayvanlar için bu süre yaşam süresinin 3/4’ dür.
    2) Süt üretimi için yetiştirilen hayvanlar için 6 ay olmalıdır.
    3) Et üretimine yönelik kanatlılarda, üç günlük yaştan büyük olmamak kaydıyla 10 hafta, yumurta üretimine yönelik kanatlılarda ise 6 haftadır.
  • Damızlık tür veya ırk seçiminde, hayvanların yerel koşullara adaptasyonu, hastalıklara olan dirençleri göz önünde bulundurulmalıdır. Bununla birlikte, yoğun üretimde kullanılan bazı damızlık veya ırklara ilişkin özel hastalık ve sağlık problemleri olmayanlar damızlık olarak kullanılır. Öncelik yerli tür ve ırklara verilir.
  • Organik hayvan yetiştiriciliği ve hayvansal üretim yapan işletmeler, hayvanların giriş ve çıkışı ile tüm tedavi uygulamalarıyla ilgili düzenli kayıtları tutar.
  •  Hayvansal üretimde yem temini ve hayvan besleme ilgili Organik Tarım Yönetmelik hükümlerine göre yapılır.

        Organik hayvan yetiştiriciliğinde hastalık önleyici tedbirler;

    Kimyasal olarak sentezlenmiş veteriner tıbbi müstahzarlar veya antibiyotikler, hastalık önleyici uygulamalar için kullanılamaz.

  • Organik hayvan yetiştiriciliğinde; 
  • Uygun damızlık ırkların seçilmeli,
  • Hayvanların doğal bağışıklıklarını artırıcı düzenli egzersiz için gezinti alanlarına veya otlaklara ulaşımı ve kaliteli yem kullanımının sağlanmalı,
  • Aşırı kalabalık nedeni ile hayvanlarda sağlık problemlerini önlemek için uygun yerleşim sıklığı sağlanmalıdır.

Tüm önleyici tedbirlere rağmen bir hayvanın hastalanması veya yaralanması durumunda, gerekiyorsa uygun bir barınakta izole edilerek, derhal tedavi edilmelidir.

Organik hayvancılıkta veteriner hekim gözetiminde veteriner tıbbi ilaçlarının kullanım usul ve esasları;
1) Tedaviye alınan hayvan türü üzerinde tedavi edici etkisinin bulunması ve tedavi koşullarına uygun olması kaydıyla kimyasal sentezlenmiş veteriner tıbbi ürünler yerine, bitki alıntıları ve bitki özleri gibi bitkisel ilaçlar, probiyotikler, organik asitler, bitki, hayvan veya mineral kaynaklı maddeler, eser maddeler ve ürünleri ve homeopat tedavi yöntemleri kullanılır.

2) Yukarıda bahsedilen maddelerin kullanımının hastalıkla veya yaralanmayla mücadelede yetersiz kalması durumlarında ve hayvanın acı çekmemesi için tedavi amacı ile kimyasal bileşimli ilaçlar veya antibiyotikler yetkilendirilmiş kuruluşun izni ile kontrollü olarak kullanılabilir.

3) Kimyasal olarak sentezlenmiş veteriner tıbbi müstahzarlar veya antibiyotikler, hastalık önleyici uygulamalar için kullanılamaz.

Organik hayvan yetiştiriciliğinde, hayvanların genetik yapısı değiştirilemez ve genetik yapısı değiştirilmiş organizmalar organik hayvansal üretimde girdi olarak kullanılamaz. Gen teknolojisi metotları ile hayvan ıslahına izin verilmez. Büyüme veya üretimi artırıcı maddelerin kullanımı ve üremeyi kontrol etmek amacıyla veya diğer amaçlarla hormon ya da benzeri maddelerin kullanımı yasaktır. Ancak hormonlar, tedavi amaçlı veteriner hekim uygulaması olarak hasta hayvana verilebilir.

Veteriner ilaçlarının kullanılacağı zaman konulan teşhis, müdahale yöntemi, ilacın dozu, tedavi süresi ve ilacın yasal kesilme süresi ile birlikte kullanılan ürün kayıt edilmelidir.

Bir hayvana normal koşullarda verilen veteriner ilaçlarının son uygulandığı tarih ile bu hayvanlardan organik ürün elde edilme tarihi arasındaki süre, yani ilacın tanımlanmış yasal arınma süresi organik yetiştiricilikte, konvansiyonel yetiştiricilikteki uygulamanın iki katı veya yasal arınma süresi belirtilmemiş hallerde ise 48 saat olmalıdır.